三丁基焦磷酸铵是一种有机中间体，有文献报道其可用于制备一种碱基修饰核苷酸。三丁基焦磷酸铵是一种磷酸化试剂，用于合成磷酸化脱氧核苷。在以下反应中用作反应物：
3'-脱氧-apio-核酸双链体的酶法合成
脱氧核苷S-甲基膦酸的合成
荧光非核苷酸ATP类似物N-甲基邻氨基苯甲酰胺乙基三磷酸酯的制备
由于其含水量低且在有机溶剂中的溶解度高，因此可用于三磷酸盐合成。
焦磷酸四钠盐(26.6g，0.1mol)溶解于去离子水(500mL)中，该水溶液通过强离子交换柱(pk216质子型)，合并含有焦磷酸的流分，用正三丁胺(37.1g，0.2mol)成盐，旋转蒸发仪将上述洗脱液浓缩成油状物。该油状物经1,4-二氧六环(100mL)带水，重复带水3次，得油状物三丁基焦磷酸铵(定量)。