2,4,6-三氯吡啶在生物医学领域有着良好的应用前景。例如含有吡啶基的2,4,6-三氯吡啶的聚合物,由于该基团的高反应性,它几乎能与所有含硫醇基团的化合物反应,形成二硫键。可实现将多种药物结合到一种聚合物上,该聚合物可同时在细胞质中释放,达到提高整体治疗的效率。
此外,2,4,6-三氯吡啶类化合物在不同pH、溶剂条件下,具有不同的荧光响应效应,可以广泛应用于光学传感领域。