有光泽黄色单斜晶系柱状结晶。从不同方法制得的磷钼酸铵所含结晶水的数目和组成不同，颜色也有所不同。在水中的溶解度较小，并易被还原为蓝色的磷钼蓝。能溶于碱、氨、磷酸。溶于乙酸、过氧化氢、联苯胺，变为蓝色。在硫酸真空保干器中失去结晶水，得到无色的无水磷钼酸铵晶体。
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