在多数情况下,4,4'-二甲氧基三苯基甲基(俗称4,4'-二甲氧基三苯甲基,DMTr)用于保护5'位的羟基。 由于三苯甲基阳离子被两个甲氧基团稳定,通过弱酸处理容易被切断。另由于它非常庞大,可以选择性地保护5'位的一级羟基。DMTr基团的导入是通过氨基保护的核苷与4,4'-二甲氧基三苯基甲基氯化物(DMTr-Cl)在碱性条件下反应。二级的2'位和3'位的羟基有区别,仅可以保护5'位羟基。
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