核苷亚磷酰胺可来源于天然或合成核苷并用于合成寡核苷酸。亚磷酰胺是一种对亲核试剂具有高反应性(弱酸可催化)的亚磷酸二酯单酰胺。
DMTr基团的导入是通过氨基保护的核苷与4,4'-二甲氧基三苯基甲基氯化物(DMTr-Cl)在碱性条件下反应。二级的2'位和3'位的羟基有区别,仅可以保护5'位羟基。DMTr基团的脱保护是通过用2~3%二氯乙酸或三氯乙酸在二氯甲烷溶液中处理几分钟来完成。
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