Solexa的测序原理是可逆终止化学反应。DNA片段加上接头之后,可以随机的附着于玻璃表面(Flow cell),并且在固相的表面经过桥式扩增。这样就形成了数千份相同的单分子簇,被用做测序模板。测序采取边合成边测序的方法,和模板配对的ddNTP原料被添加上去,不配对的ddNTP原料被洗去,成像系统能够捕捉荧光标记的核苷酸。随着DNA 3'端的阻断剂的去除,下一轮的延伸就可以进行。和焦磷酸测序不同,每次DNA的只能延伸一个核苷酸。Solexa的读长在100-150bp之间,适合小RNA鉴定、甲基化和表观遗传学研究。
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