Cy3激发光波长为570nm,发射光波长为650nm,呈绿色荧光。但是在绿光光谱波长激发下,Cy3也可出现红色荧光。Cy3属于花菁类染料 (Cyanine Dyes),常见的Cy系列染料主要包括有Cy2、Cy3、Cy5等,能与细胞内蛋白质结合。这类染料的荧光特性与传统荧光素类似,但水溶性和对光稳定性 较强,荧光量子产率较高,对pH等环境不敏感。常用于多重染色。Cy3在氩光灯(514nm或528nm)下可以被激发出50%的光强,在氦氖灯 (543nm)或者汞灯(546nm)下则约75%的光强。 Cy3可以和荧光素一起作双标。Cy3还可以和Cy5一起在共聚焦显微镜实验中作多标记。Cy3和Cy5比其他的荧光团探针要更亮,更稳定,背景更弱。因 为激发光和发射光波长很接近TRITC,在荧光显微镜中,可使用和TRITC一样的滤波片。
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