ChIP-Se

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发货地	浙江
更新日期	2020-01-16

产品详情

英文名称:ChIP-Se
服务名称: 染色质免疫沉淀 ChIPSeq 测序	提供商: 杭州晶佰生物技术有限公司

染色质免疫沉淀-测序（ChIP-Seq）

概述

染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。

ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

技术路线

1．实验流程（Solexa）

实验流程示意图

生物信息分析流程示意图

研究内容

1．测序
对客户提供的ChIP样品（如果有阴阳参启动子区域或DNA序列的）进行定量检测，检测合格后进行测序文库构建、DNA成簇（Cluster generation）扩增、高通量测序。

2．基本数据分析
数据产出统计：对测序结果进行图像识别（Base calling），去除污染及接头序列；统计结果包括：测定的序列（Reads）长度、Reads数量、数据产量。

3. 高级数据分析
标准高级数据分析内容包括：
（1）ChIP-Seq序列与参考序列比对；
（2）Peak calling：统计样品Peak信息（峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数）；
（3）统计样品Uniquely mapped reads在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度；
（4）给出每个样品Peak关联基因列表及GO功能注释；
（5）在多个样品间，对与Peak关联基因做差异分析。

技术特点

应用领域

由于ChIP-Seq的数据是DNA测序的结果，为研究者提供了进一步深度挖掘生物信息的资源，研究者可以在以下几方面展开研究：

（1）判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰；
（2）检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位；
（3）研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系；
（4）CTCF转录因子研究。

案例分析

ChIP-Seq案例研究

Ellen Markljung等利用ChIP-Seq技术，发现：家猪IGF2基因（编码Insulin-like growth factor 2）第三内含子单碱基G→A的替换，导致抑制因子ZBED6在该基因上结合位点的丧失，从而使IGF2在骨骼肌中上调表达（表达量是正常情况的3倍），这一突变主要影响肌肉生长（提高了骨骼肌的数量，因此猪肉产量提高了3~4%）、心脏增大和脂肪沉积。

图1 小鼠C2C12细胞ChIP-Seq结果（A）Igf2基因内含子QTN位点ChIP-Seq Peak分布

图2 小鼠C2C12细胞ChIP-Seq结果（E）Gen Ontology分类

图3 小鼠C2C12细胞ChIP-Seq结果（F）ZBED6蛋白结合的转录因子家族

关键字： ChIP-Seq ;分子生物学

公司简介

成立日期	2014-05-30 （11年）	注册资本	1000万人民币
员工人数		年营业额
主营行业		经营模式

杭州晶佰生物技术有限公司

非会员

公司成立：11年
注册资本：1000万人民币
企业类型：胡骏
主营产品：
公司地址：杭州西湖科技园振华路212号林达科技楼1楼10层

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询盘

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