1 促进肠道健康
乳酸菌可以利用产生有机酸、定殖在肠道细胞表面上的方式，抵抗外来的病塬菌、减少坏菌的生存，也减少坏菌产生的毒素，让肠道更健康。
2 增进免疫功能
有些乳酸菌能够藉由促进自然杀手细胞活性、吞噬细胞活性、促进血清中IgA、IgM抗体生成、促进细胞介素(Cytokine)、免疫球蛋白的分泌的生成等，让专一性与非专一性的免疫能力获得改善。
3 调整过敏体质
乳酸菌可以藉由刺激巨噬细胞的活性，引发后续免疫能力的改变与调节平衡，进而降低过敏的反应。
4 降低总胆固醇
有文献观察到摄取发酵乳製品，能够降低总胆固醇的含量，但目前机制尚未明确，目前推测有数种可能：如胆固醇与乳酸菌的细胞壁接合后被排出体外、或被乳酸菌吸收利用(称为同化作用assimilation)，使人体无法吸收;降低胆固醇的合成等假说。
5 减少癌症生成的可能
对于摄取乳酸菌减少癌症生成的可能性，目前有一些推测的机制，包含摄取乳酸菌可能会减少人体肠道内有害物质的吸收、减少致癌前驱物质被相关酵素转化为致癌活性物质的能力、改变肠道内的微生物群落谢活性、乳酸菌将致癌物质分解或与其结合、使抗突变物质含量增加、改变肠道内的物化特性等，都被视为有可能降低癌症生成的可能机制。
6 增加短链脂肪酸的生成
短链脂肪酸可以作为人体的能量来源，也可以影响肠道细胞的分化与肠道黏膜的发育，同时短链脂肪酸又能让肠道内的好菌生长利用，形成让肠道维持良好功能的好循环。
7 可能有助于避免肥胖和糖尿病
肠内的微生物菌相已被证实的肥胖有关联，部分动物实验结果指出餵食 Lactbacilli 与 Bifidobacteria 这2种属的特定菌株，可以改善肥胖与糖尿病的症状，但机制尚未明确。
8 减少忧郁
台湾的研究团队发现的胚芽乳酸桿菌 Lactobacillus plantarum PS128 乳酸菌菌株能够调控前额叶皮质的多巴安与血清素系统、并能够减少小鼠的焦虑症状，未来也能有帮助减轻忧郁的优酪乳产品问世。