聚六亚甲基胍可用于杀灭各种表面的各种真菌、霉菌，也能有效杀灭和抑制金黄葡萄球菌、大肠杆菌、痢疾杆菌，白色念珠菌等常见细菌，是家庭日用消毒的理想产品，也用作宠物预防消毒剂和医学消毒。聚六亚甲基胍盐酸盐的性能优异，应用领域十分广泛。
水产养殖
聚六亚甲基胍盐酸盐是一种高分子聚合物，能迅速杀灭海水中的革兰式阴性菌、漂浮弧菌、副溶血弧菌、溶藻弧菌等有害细菌，对海参及其它水产品因细菌引起的各种疾病都有很好的预防和治疗作用。
消毒湿巾
聚六亚甲基胍盐酸盐是阳离子聚合物，其抗菌作用主要是通过溶解脂质，改变细菌细胞膜的通透性，使菌体内的代谢发生障碍而抗菌。抗菌谱较广，对革兰氏阳性和阴性菌及霉菌有效力，具有无色、无嗅、对皮肤无刺激性、无毒性、无腐蚀性的特点。所以经它处理后的湿巾，既能达到快速的消毒效果，又不会产生霉变，保质期可达两年。
皮肤创面消毒剂
聚六亚甲基胍盐酸盐无色、无腐蚀性，效力持久，故可方便的用于皮肤、创面、妇产科、泌尿科的清洗消毒，特别对一些不能用高温消毒的医疗用品，只需用1‰浓度的溶液浸泡或喷涂，在短时间内即可达到满意的杀菌效果。该产品还可用于病房的空气和墙壁、地面的消毒。
外阴洗液
聚六亚甲基胍盐酸盐制成外阴洗液和栓剂，可用于细菌性、霉菌性、滴虫性、老年性及非特异性阴道炎、宫颈炎、外阴炎、阴部瘙痒等症，清除会阴部异味，减少分泌物。适用于男女房事前后、出差旅游及妇女经期前后等阴部清洁消毒，防止皮肤病、性病的感染与传播。同时适用于手足、肛门等部位的杀菌保洁。
公共场所灭菌净化剂
在公共场所，大量的细菌和病毒性传染疾病严重危害人类的生命安全，杀菌消毒成为维护人们生命必不可少的重要环节。该产品具有杀菌谱广、无毒、无色、无嗅等特点，且无任何腐蚀性，非常适用于汽车、火车、飞机、轮船、商场、医院、电影院、宾馆、饭店等公共场所的灭菌消毒。
脚气、皮肤病
聚六亚甲基胍盐酸盐对真菌的杀灭作用强，效力持久，故可以方便的用于由真菌感染引起的疱型、糜烂型、鳞屑角化型、脱皮型等脚气、脚癣；股癣、头癣、体癣、手癣等各类真菌型皮肤病。并起到止痒、祛腐生肌、恢复皮肤正常功能的作用。
洗涤用品
市场上具有消毒功能的洗涤用品，一般都添加氯制剂为消毒成份，其存在对织物有腐蚀性、褪色、杀菌有效期短、只能用于白色织物等缺陷。而该产品具有溶于水、无毒、无色、无嗅、无腐蚀、不褪色、对皮肤黏膜无刺激、有效期长等优越性，可开发出洗涤任何颜色织物的高科技环保型消毒灭菌洗衣粉、洗涤液、干洗剂等产品。
杀菌消毒已成为人们日常生活中必不可少的重要环节，该产品的问世，市场前景必将十分广阔。该产品不仅能够杀死衣物上的各种传染病菌，防止性病的传播，且洗涤后的衣物抗菌防霉效果显著，对免疫系统尚未发育完善的儿童尤其重要，起到健康保护作用。
由于该产品对真菌有极强的杀灭作用，故还可用于洗发液中，对去除头皮屑及因头皮屑引起的头皮癣、脂溢性皮炎等，有明显的杀菌、止痒效果。
饮料及食品加工行业
聚六亚甲基胍盐酸盐是一种绿色环保型消毒杀菌剂，不含碘、氯、醛等有害物质。该产品应用在啤酒、饮料及食品生产中的管道、容器等生产设施和厂房地面的杀菌消毒，只需将该产品稀释25000倍（即10ppm），浸泡或冲洗管道，即可达到杀菌效果。若无特殊要求的灌装食品罐，则完全可以提高使用浓度至250ppm，以达到快速完全杀灭细菌的效果。