其实两种方法都可获得满意的效果。关键在于染液的配制，如果非要有个比较，那么水溶伊红的染色效果更稳定，容易掌握，分化宽容度的更大一些，但染色效果没有醇溶性伊红鲜艳，而醇溶性伊红，相比之下染色效果不够稳定，不易掌握，且液体挥发较快，不太经济，分化也比较困难，特別是对乙醇的浓度要求很高，越精确分化越好，否则会出现分化不够与分化过度在很短时间内发生的现象，但它染色效果鲜艳，与苏木素对比清晰。
水溶伊红
醇溶伊红
有些病理科采用水溶性伊红经过处理后用乙醇溶解的方法，也可取得较好效果。
方法：将水溶性伊红溶于蒸馏水中，然后加浓盐酸10ml，充分搅拌，静置过夜后过滤。过滤后的沉淀用蒸馏水冲洗二次，再过滤；将沉淀物连同滤纸一起放入温箱内干燥，加95%乙酵1000ml，配成饱和液。使用前鮮用95%的乙醇1:1~2倍稀释，加人1%~2%冰醋酸。
据说用此法配制的醉溶性伊红染色液使用期长，染色速度快。结合正确的染色方法时，切片分化不易脱色，颜色清晰艳丽，与蓝色的细胞核对比突出，且长期保存也不易褪色。何实际应用中，这样配制的醇溶性伊红染色液普遍使用期短、难染色、易褪色等现象，一般认为，此种现象一般由以下几种原因引起的：
1.溶剂种类：醇溶性伊红几乎不溶于水和低浓度乙醉：如用纯乙酵取代95%乙醇配制染液，也会影响伊红溶解度，且染色后切片经低浓度乙醇分化易脱色。
2.染色液浓度：室温下醇溶性伊红在95%乙醇中较难溶解，远低于有关文献记载的溶解度(0.45g/100ml)，这可能与染料的生产工艺有关。所以，在室温下直接配制染色液往往达不到目标浓度，切片染色较淡。
3.冰醋酸的量：适量的冰醋酸能使染色液保持比胞质等电点略为酸性的环境（pH比染色体等电点高），从时使胞质电离并带正电，可被带负电的伊红色酸负离子染色。不加或加入少量冰醋酸，伊红仅通过渗透成弥散作用很准染色，而且和组织结合不牢固，分化后易脱色。加入过量冰醋酸，一方面使染色体也发生电离带正电，造成核、质对比不清；另一方面抑制了伊红电离，形成酵溶性伊红沉淀，导致染色液失效。
4.染色前后处理：苏木精染核后，切片未采用流水冲洗蓝化，残存的酸或碱性物质易引起伊红褪色；或者水洗蓝化后，切片直接进入醇溶性伊红染色液，因短时间内乙醇难以置换出组织内水分，引起染色不均匀，并且水分被频繁带入染色液会使乙醇浓度下降.伊红溶解度也随之降低并出现沉淀，染色液失效；再者伊红染色后，切片先用流水冲洗再入乙醇分化，则和组织尚未极性吸附的色酸负离子因乙醇入水的张力而脱去，结果切片染色较淡。鉴于上述原因，对醇溶性伊红的染液配制与染色方法给出以下建议:
5.不用蒸溜水或纯乙醇溶解伊红，以95%乙醇为标准溶剂配制储备液和染色液。
(1)以饱和储备液作为浓度标准。为确保储备液完全饱和，可采用恒温温水浴箱或数控裱片机等水浴加热设备，禁用电炉、微波炉对乙醉直接加热，以免发生意外。
(2)配制染色液时，切勿搅拌或振荡有沉淀的储备液，取其1份按1：1或1:2加入95%乙醇，冰醋酸以1~2滴/100ml为好。
(3)切片蓝化采用流水冲洗，此对于盐酸乙酵分化或弱碱溶液促蓝者尤为重要。
(4)切片浸染伊红前，必须先人95%乙醇处理，染色后，直接入85%乙醇分化。
(5)对已经产生沉淀的染色液，尽置弃之不用。