正确使用纯水机可以帮助实验人员在进行精密分析实验时避免常犯的错误，从而保证高品质的纯水获取。
六应该
1、取水前冲洗取水终端
纯度越高的水越容易受周围环境中污染物的影响，特别是当一台纯水机闲置整晚或几天不用时，实验室空气中的挥发性分子污染物可能会对取水终端产生污染。良好的操作习惯是在取水前先排出一定量的纯水（1L或2L）以冲洗取水终端，然后再收集高品质、新鲜的纯水。
2、监测你的水质
“电阻率”和“TOC”（总可氧化碳）是纯水水质监测的2个重要指标。电阻率是用于监测水中无机离子的污染情况，TOC是用于监测水中有机物的污染情况。超纯水的电阻率值需达到18.2 MΩ·cm，TOC值需≤5 ppb（ug/L）。如超纯水电阻率低于18.2 MΩ·cm，需警惕系统内存在潜在的污染。
3、选择合适的终端过滤器
纯水系统的取水终端处可通过配备不同的终端过滤器以输出满足特定应用需求的超纯水。如无核酸酶的超纯水，或专用于LC-MS分析的超纯水。若您的实验室对超纯水的水质需求各不相同，您可以通过为一台纯水系统配备多个水分配系统，每个水分配系统安装不同的终端过滤器，从而满足不同应用对超纯水的水质需求。
4、选择合适的取水容器
当您在为分析实验制备试剂时，您可能会将刚刚取出的超纯水暂存于一个收集容器内，而该收集容器的选择必须特别留意。有机分析（HPLC等）需优选硼硅酸盐玻璃瓶，该材质无有机分子的溶出风险。无机分析通常推荐聚乙烯或聚丙烯容器，该材质拥有相较于玻璃材质更少的离子溶出。ICP-MS分析，首选含氟聚合物（如聚四氟乙烯PFA）的容器。另外，需使用瓶盖封住容器的瓶口以减少瓶内超纯水与室内空气、颗粒、细菌的直接接触。
5、正确清洗取水容器
取水容器需确保清洗干净以避免交叉污染。清洗剂的选择需视分析实验的应用而定（如稀释的酸、丙酮等）。清洗后，需用超纯水对取水容器进行多次漂洗。容器清洗的同时，不要忘记对瓶盖进行同样的清洗及漂洗。另外，需要留意痕量分析专用的玻璃器皿切勿与其他实验的玻璃器皿混用。
6、留意污染源
进行痕量或超痕量分析实验时需要特别留意，实验室内的任何物品都有可能成为污染源，如手套、封口膜、马克笔、地面清洁产品，甚至是实验室新添的家具都有可能释放污染物影响水质。对于这类敏感的分析实验，建议您将取水终端置于防护柜内以降低外界对水质的污染。
四不该
1、不延迟更换纯化柱
对于纯化柱的使用期限来说，超过生产商推荐的使用期限后仍继续使用该纯化柱并不是一个良好的操作规范，即使机器在当下仍能产出质量合格的纯水。因为对于一些纯化技术来说，如离子交换树脂饱和后，大量的杂质往往会突然地或是无预兆地释放出来，可能对您正在进行的关键实验带来潜在影响。因此，依照生产商的建议定期更换纯化柱有益于保障水质的长期稳定！
2、不存储超纯水
当存储超纯水时，容器内的超纯水会迅速吸收空气中的CO2，从而生成碳酸、碳酸盐和碳酸氢盐。此外，细菌或藻类也可能在不流动的水中滋生，特别是靠近热源的水中。滋生出的细菌会释放相应的副产物，如核酸酶、内毒素和其他有机物，从而对实验结果产生影响。同时，存储容器本身也可能污染超纯水，特别是大的广口桶（Carboy），其内壁难以清洗干净。因此，超纯水的最佳用水建议是在使用前从纯水系统中即时取用！
3、不在出水口连接塑料管
在系统的出水口连接塑料管可能会造成一些问题。首先，管内的塑化剂可能会渗出至系统产出的超纯水中；其次，残留在管内的水滴可能会帮助细菌或藻类污染物的滋生，从而污染下一批产出的超纯水。如今现代化的纯水系统均会配备一个或多个“点到点”的水分配系统，可轻松地将产水分配至各类器皿内，有效避免塑料管接水时可能造成的水滴飞溅或管路的经常更换！
4、分配纯水时不要产生气泡
当您在进行痕量分析实验室时，请一定留意在取用超纯水时避免气泡的产生。超纯水与实验室内空气的过多接触会增加空气中污染物进入超纯水的风险。污染物包括潜在的挥发性有机物或无机物（如实验室内无处不在的氨或氯化物）。最佳的取水操作为，在取水时将容器或取水臂倾斜摆放，使得水流可以沿着瓶壁流入，从而避免水流直接垂直流入瓶底而产生气泡！