蛋白质-DNA相互作用在信号转导、基因转录、染色体分离、DNA复制和重组以及表观遗传沉默等细胞功能中扮演着关键角色。识别DNA结合蛋白的遗传靶标并了解基因组范围内蛋白质-DNA相互作用的机制对于理解细胞过程非常重要。染色质免疫沉淀（ChIP）随后进行下一代测序（ChIP-Seq）为研究基因组范围内的蛋白质-DNA相互作用提供了一个有利的工具。它允许检测特定蛋白在活细胞中结合到特定序列。特别是，针对各种转录因子（TF）的ChIP抗体，用于通过ChIP-Seq进行全基因组转录因子结合位点分析的需求很高。这种分析要求ChIPed DNA含有Z小的背景，以便可靠地识别真正的TF富集区域。目前使用的ChIP-Seq方法在识别基因组范围内的蛋白质-DNA相互作用中发挥着重要作用。然而，这些方法仍有几个缺点：1) 需要大量的细胞/组织以获得足够的文库DNA产量，因此这些方法不能用于数量有限的生物样本，如肿瘤活检和胚胎组织；2) ChIPed DNA的背景水平高；3) 程序耗时（超过3天）且不便。
为了解决这个问题，EpigenTek开发了EpiNext™ ChIP-Seq高灵敏度试剂盒，通过结合其基于微孔板的超ChIP和高灵敏度DNA文库构建技术。
艾美捷ChIP-Seq试剂盒（P-2030）具有以下特点：
1、优化的缓冲液和协议通过克服导致非特异性富集的弱点，允许Z小的ChIP背景，从而提高ChIP反应的灵敏度和特异性。
2、通过使用独特的嵌合蛋白，其中包含Z大数量的IgG结合域，涂覆在条形孔上，增加抗体的选择性和捕获效率。这允许在广泛的pH范围内强烈结合任何IgG亚型抗体，无论其是单克隆还是多克隆形式。
3、高效的目标DNA富集。正负对照的富集比率> 500。
4、高灵敏度和灵活性：可用于非条形码（单重）和条形码（多重）DNA文库准备。输入细胞数量可少至50,000个，范围从50,000到1,000,000个细胞。可以使用包括数量有限的样本在内的广泛的细胞/组织样本。
5、快速和简化的程序：从细胞/组织到文库DNA的过程少于7小时。从ChIPed DNA到大小选择的每个步骤之间不需要清洁，所有反应都在同一管中进行，从而节省时间并防止处理错误或丢失宝贵的样本。无需凝胶的大小选择进一步减少了准备时间。
6、高度方便使用：试剂盒包含ChIP-Seq每个步骤所需的所有组分，这些组分足以进行ChIP和ChIPed DNA文库准备，从而使ChIP-Seq成为Z方便、可靠和一致的结果。
7、Z小化偏差：超高频放大和可选的无PCR步骤允许以Z小的序列偏差和低错误率获得可重复的高产量DNA文库。
ChIP-Seq试剂盒检测原理：
EpiNext™ChIP-Seq高灵敏度试剂盒包含从哺乳动物细胞或组织开始成功进行ChIP-Sex所需的所有试剂。在ChIP反应中，染色质从细胞/组织中分离出来，靶蛋白-DNA复合物使用感兴趣的抗体进行免疫沉淀。然后清洗、释放和洗脱免疫沉淀的DNA。试剂盒中包括阳性对照抗体（RNA聚合酶II）、阴性对照非免疫IgG和GAPDH引物，它们可以用作阳性对照，以证明试剂盒试剂和方案的有效性。RNA聚合酶II被认为富含GAPDH基因启动子，预计在大多数生长的哺乳动物细胞中进行转录，可以被RNA聚合酶II抗体免疫沉淀，但不能被非免疫IgG免疫沉淀。在文库制备中，ChIPed DNA片段同时进行末端修复和dA末端抛光。然后将接头连接到抛光的DNA片段的两端进行扩增和测序。使用MQ结合珠对连接片段进行尺寸选择和纯化，从而可以快速准确地选择DNA的尺寸。用高保真PCR混合物扩增选定大小的DNA片段，确保从Z少量的起始材料中获得Z大产量，并以低错误率和Z小偏差提供高精度的文库DNA扩增。
左图.EpiNext™ ChIP-Seq高灵敏度试剂盒的工作流程
右图.高灵敏度ChIP：从不同数量的MBD-231细胞中分离出的剪切染色质用于GAPDH启动子中RNA聚合酶II富集的ChIP-qPCR分析。
运输与储存：
试剂盒分两部分运输：第一部分在常温下运输，第二部分则在4°C的冰冻冰袋上运输。收到后：立即将以下组分存放在-20°C：富集增强剂、核糖核酸酶A、10X末端修饰缓冲液、末端修饰酶混合物、末端修饰增强剂、2X连接缓冲液、T4 DNA连接酶、接头、2X HiFi PCR 主混合物、引物U、引物I和洗脱缓冲液。将以下组分存放在4°C：WB、AB、CB、BS、蛋白酶抑制剂混合物、非免疫IgG、抗RNA聚合酶II、蛋白酶K、GAPDH引物 - 前向、GADPH引物 - 反向，以及8孔分析条（带1框架）和MQ结合珠。所有其他组分存放在室温下。如果储存得当，试剂盒的所有组分从发货日期起稳定6个月。注意：使用前检查WB和CB是否含有盐析物。如果有，可短暂在室温或37°C下加热并摇动缓冲液，直到盐分重新溶解。
https://www.amyjet.com/products/P-2030-12.shtml