首先，槲皮素、二氢槲皮素和异槲皮素都属于天然植物黄酮类化合物，槲皮素本身就有两分子结合水(二水合物)，分子式C15H10O7+2H2O，因此二水槲皮素是槲皮素原料药更为严格的名称，但在槲皮素的含量测定中要计算无水槲皮素的含量，也就是说要在计算中去掉两分子水。从化学结构上面讲，二氢槲皮素是槲皮素的还原形式，也就是把黄酮母核中2，3位的双键氢化后的产物，分子式C15H12O7，而异槲皮素是甙，而槲皮素是甙元，也就是俗称的糖配基，异槲皮素就是在骨架上加了一个葡萄糖，分子式C21H20O12，槲皮素和异槲皮素都是从芦丁进行脱糖处理而得，脱一个糖(鼠李糖)就形成了异槲皮素，脱两个糖(葡萄糖+鼠李糖)就形成了槲皮素。从水溶性上来讲，槲皮素是不溶于水的，只能制成片剂，而二氢槲皮素和异槲皮素的水溶性要好一些。生物利用度方面，异槲皮素，已经被证实比槲皮素或槲皮苷(芦丁)具有更高的生物利用度和更快的吸收速度，其速度大约是槲皮素的两倍，而比槲皮苷(芦丁)则要高十倍。异槲皮素的葡萄糖部分加速了分子的摄取以及向槲皮素的转化。