酶免疫试验之所以能成为临床免疫检验中的主导技术，是与它的方法上的特异性和灵敏性、操作上的简便性以及试剂的稳定性分不开的，还有很重要的一点是，其对环境没有污染威胁。
尽管如此，作为一项免疫检验技术，酶免疫试验还是有其局限性的，不但所检测的生物学体液样本如血清中有可能存在各种干扰实验的因素，而且在实验过程中，影响结果的因素也很多，尤其是进行手工的ELISA测定时。
此外，在定性ELISA测定中，阳性判定值（CUT-OFF）的建立，是在一定的统计学基础上的，相对于某个具体的受检者来说，其有可能并不具备正确性。例如，使用ELISA方法检测抗HCV及抗HIV或HBsAg，有时候，检测所得的阳性结也许并不是真正的阳性，而需要使用其他方法如重组免疫印迹（recombinantimmunoblotas—say，RIBA）、蛋白印迹（Westernbl。t，WB）或中和试验来确认，才能报告阳性。这里抗HCV和抗HIV的检测均使用病毒部分的基因工程抗原，其他一些病毒如流感病毒、腮腺炎病毒和水痘病毒等感染人体后，亦或一些自身抗体，也有可能会导致假阳性反应。
HBsAg的测定主要是弱阳性的问题，这与ELISA测定的“灰区”有关系，处于cut-off值周围亦即“灰区”的结果的可靠性通常较差，阳性当然需要确认，阴性却也未必是真，这一点在血站筛检献血员血液时是非常重要的，必须引起注意，并采取适当的措施，防止此类严重影响人们健康的传染性疾病经输血传播，本书后面的有关章还会对此问题做详细论述。此外，免疫测定的基础是抗原抗体的特异反应，因此，如检测抗原，除了要求抗体（单抗或多抗）是特异的外，还要求待测抗原上必须存在有能与所用抗体结合的抗原决定簇，如果因为基因突变导致某些位点的不表达，或者结合位点因为某些原因被封闭或阻断，都会影响抗体与抗原的结合，造成假阴性结果。
如检测抗体，则要求所用包被抗原应尽可能包含所有的特异抗原决定簇，同时又尽可能不含有非特异的成分，这一点往往由于技术水平的限制而难以完全做到，因此，从某种意义上来说，假阳性假阴性是不能完全避免的，尽管通过努力，可以将其降至很低的程度。这也是建立临床免疫检验方法所努力的方向。