5,6.二羟基吲哚是黑素原的重要中间体, 黑色素是生物体内的酪氨酸经系列酶催化氧化反应形成。其中经过的一个最重要的中间体就是5,6-二羟基吲哚。5,6-二羟基吲哚是生物体内的物质，无毒、副作用。以对苯二胺及其衍生物为原料的染发剂致癌、致畸性、过敏的不良影响。5,6-二羟基吲哚分子量小，作为永久染发剂，染发机理一样，都是通过渗入毛发后，经氧化聚合反应，形成有色的大分子物质而被固定。目前已在一些洗化用品中被用来取代苯胺、苯酚类化合物。
5，6-二羟基吲哚也是一些氨基酸、生物碱、色胺的中间体，它对角蛋白纤维的染色有较好的效果。