在体内富集组蛋白或转录因子（TF）复合的DNA，然后进行下一代测序，为研究全基因组蛋白质-DNA相互作用提供了有利的工具。它允许分析与活细胞中的DNA序列结合的特定蛋白质。这种分析要求该方法可靠地鉴定真正的靶蛋白富集区域，特别是从有限的细胞样品中。这些样品可以包括从组织中分离的稀有细胞群、从整个细胞群中分选的特定细胞和原代培养的亚群细胞如胚胎细胞。此外，该方法应确保富集的DNA包含最小的背景，并且蛋白质-DNA结合区域的作图具有最小的偏差和高分辨率。长期以来用于实现这一目标的主要方法是染色质免疫沉淀，然后测序（ChIP-Seq）。然而，ChIP的主要限制是它需要1）大量的输入材料，细胞或组织，以产生超过背景噪声的足够强的信号;和2）在初始固定步骤期间交联。有几种先进的方法可用于减少细胞数量或提高分辨率的ChIP-Seq。这些方法包括ChIP-exo、ChIPmentation。ChIP-exo提供了高分辨率的映射，但很耗时，并且需要大量的输入细胞。虽然ChIPmentation使用转座酶和测序兼容衔接子来实现ChIP过程中的连接整合，但它遵循传统的缓慢（2天）ChIP程序，无法实现高分辨率映射。
EpiNext™ cTIP（CUT& Tag In-Place）测序试剂盒是 从哺乳动物细胞开始成功进行cTIP-Seq所需的一整套试剂。该试剂盒旨在从低输入细胞/染色质中富集蛋白质（组蛋白或强结合转录因子）特异性DNA复合物，并使用Illumina平台（如Illumina Genome Analyzer II、HiSeq和MiSeq系统）制备用于下一代测序的文库。创新的工作原理、优化的方案和试剂盒的组分允许以最小化的非特异性背景水平捕获靶蛋白/DNA复合物，并快速构建非条形码（单重）和条形码（多重）文库，以便以较小的偏差和高分辨率映射靶蛋白-DNA相互作用区域。
艾美捷CUT&Tag试剂盒特点：
高富集度：使用一种独特的、具有低序列偏差的核酸切割酶混合物，能够同时将染色质片段化，并在不影响目标蛋白质占据的DNA的情况下，切割/移除目标蛋白质/DNA复合物两端的任何DNA序列。因此，可以可靠地识别真正的目标蛋白质富集区域，并实现高分辨率的映射。
低输入材料：强大的无需超声的片段化、未结合DNA的切割和免疫捕获都在同一个单管中通过珠上连接进行。这种方法适用于细胞和组织，并允许最大限度地保护目标蛋白质，同时最小化样本损失。结果，输入的细胞数量可以少至500个，或者染色质的量可以低至50纳克。
原位标记：在DNA纯化之前，将DNA适配器通过珠上连接（原位）连接到染色质上，这会增加DNA片段的大小，使得能够纯化那些对于转录因子（TF）来说太短的片段（例如：<70个碱基对），以便用于文库构建。
最小化背景：在目标蛋白质/DNA复合物的两端原位切割未结合的DNA序列，能够最小化免疫捕获/测序的背景，允许进行少于1000万次读取的数据分析。
快速、流程简化的程序： 从细胞到文库DNA的程序不到5小时。
高度便捷：试剂盒包含了CUT&Tag原位测序每个步骤所需的所有组分，这些组分足够用于蛋白质/DNA的捕获和捕获的DNA文库的准备，从而使cTIP（CUT&Tag In-Place）测序试剂盒成为最方便的，能够提供可靠和一致的结果。
CUT&Tag试剂盒检测原理：
图 1. EpiNext™ cTIP（CUT&Tag In-Place）测序试剂盒的工作流程。
图 2. 使用EpiNext™ cTIP（CUT&Tag In-Place）测序试剂盒的文库片段大小分布： 通过控制抗体（H3K9me3）从Hela细胞分离的500纳克染色质中捕获组蛋白/DNA复合物，并用于DNA文库的准备。295个碱基对的峰值反映了单核小体（约150个碱基对）的插入大小。
图 3. 使用EpiNext™ cTIP（CUT&Tag In-Place）测序试剂盒的文库片段大小分布： 通过抗RNA聚合酶II（PoLII）抗体从50,000个Jurkat细胞中富集RNA聚合酶II/DNA复合物，并用于DNA文库的准备。280个碱基对的峰值反映了PoLII占据的插入大小（约130个碱基对）。
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