请在使用前阅读整个用户指南：
用途： EpiNext™ cTIP（CUT&Tag In-Place）测序试剂盒旨在从低输入量的细胞/染色质中富集特定蛋白（组蛋白或强结合转录因子）-DNA复合物，并为使用Illumina平台（如Illumina GenomeAnalyzer II、HiSeq和MiSeq系统）进行下一代测序准备文库。该试剂盒的创新工作原理、优化的协议和组分允许捕获目标蛋白/DNA复合物，Z小化非特异性背景水平，并快速构建无条形码（单重）和有条形码（多重）文库，以便以较少的偏差和高分辨率绘制目标蛋白-DNA相互作用区域。
输入量： 对于细胞，一般每反应的量可以是2 x 10^3到2 x 10^5个细胞。为了Z佳准备，细胞输入量应为1 x 10^5，尽管cTIP（CUT&Tag In-Place）测序试剂盒数据可以通过少至500个细胞获得修饰组蛋白的数据。对于从细胞或组织中分离的染色质，每反应的量可以是0.1微克到5微克的染色质。为了Z佳准备，染色质输入量应为2微克。
起始材料： 起始材料可以包括各种哺乳动物细胞样本，如从培养瓶或培养皿中培养的细胞、原代细胞、从血液、体液和新鲜/冷冻组织中分离的稀有细胞群体、从整个细胞群体中分选的特定细胞和胚胎细胞等。
抗体： 抗体应为ChIP级，以便识别与DNA或其他蛋白结合的蛋白。如果您使用的是未经ChIP验证的抗体，则应使用适当的对照抗体，如抗RNA聚合酶II、抗H3K4me3或抗H3K27me3，以证明抗体适合ChIP。
内部对照： 该试剂盒中提供了阴性和阳性ChIP对照。
注意事项： 为避免交叉污染，仔细将样品或溶液移液到PCR管中。使用防气溶胶屏障移液管尖，并在液体转移之间始终更换移液管尖。在整个过程中佩戴手套。如果手套与样品接触，立即更换手套。
CUT&RUN（目标下切割与释放使用核酸酶）和CUT&TAG（目标下切割与标记）是为有限生物材料的蛋白-DNA相互作用图谱开发的方法。虽然它们显著提高了图谱分辨率，但两者都成本高昂。此外，CUT&RUN需要昂贵的PA/Mnase融合蛋白，这种蛋白对A/T序列有显著偏好，导致目标蛋白相互作用的DNA区域图谱严重受到MNase消化水平的影响。除了与CUT&RUN相同的消化偏好外，由于Tn5转座酶酶引起的染色质的非目标可及性，CUT&TAG的特异性较低。因此，作为一种改进，我们开发了一种新技术：目标下切割并就地标记测序（CUT&Tag In-Place测序），用于绘制全基因组范围内的蛋白-DNA相互作用。
我们的创新方法结合了ChIPmentation、ChIP-exo和CUT&RUN的优势，并采用Z快的程序，将其整合到EpiNext™ cTIP（CUT&Tag In-Place）测序试剂盒中。
艾美捷CUT&Tag试剂盒特点：
1、高富集度：使用具有低序列偏好性的独特核酸切割酶混合液，同时将染色质碎片化，并在不影响目标蛋白占据的DNA的情况下，切割/移除目标蛋白/DNA复合物两端的任何DNA序列。因此，可以可靠地识别真正的目标蛋白富集区域，并实现高分辨率映射。
2、低输入材料：强大的无超声碎片化、未结合DNA切割和免疫捕获都在同一个单管中进行，采用珠上连接。这种方法允许在细胞和组织中使用，并允许Z大限度地降解保护目标蛋白，同时Z小化样本损失。结果，输入的细胞数量可以少至500个，或者染色质量可以低至50纳克。
3、就地标记：在DNA纯化之前，将DNA接头珠上连接（就地）到染色质，可以增加DNA片段大小，允许对结合转录因子（TF）的过短片段（例如：<70碱基对）进行纯化，以构建文库。
4、Z小背景：在原位切割目标蛋白/DNA复合物两端的未结合DNA序列，能够Z小化免疫捕获/测序背景，允许数据分析时读取数少于1000万次。
5、快速、简化的程序：从细胞到文库DNA的过程少于5小时。
6、高度方便：试剂盒包含CUT&Tag就地测序的每个步骤所需的所有组分，这些组分足以进行蛋白/DNA捕获和捕获的DNA文库准备，从而使cTIP（CUT&Tag In-Place）测序试剂盒成为Z方便、可靠且结果一致的试剂盒。
CUT&Tag试剂盒检测原理：
EpiNext™ cTIP（CUT&Tag In-Place）测序试剂盒包含了从哺乳动物细胞开始进行成功的cTIP-Seq所需的所有必要试剂。在反应中，从细胞中分离出细胞核。目标蛋白-DNA复合物与感兴趣的ChIP级抗体结合/捕获。使用独特的核酸切割酶混合液，染色质被碎片化，目标蛋白/DNA复合物两端的DNA序列被切割/移除。在此过程中，被目标蛋白占据的DNA序列不受影响。接头被连接到珠子上与目标蛋白结合的DNA片段。然后，连接的DNA被释放、纯化，并使用高保真PCR混合液进行扩增，以构建文库DNA。DNA随后被清洁、释放和洗脱。试剂盒中包括一个阳性对照抗体（抗H3K9me3）、一个阴性对照非免疫IgG和对照染色质，这些可以用来在PCR/生物分析仪步骤中展示试剂盒的效果和性能。
EpiNext™ cTIP（CUT&Tag In-Place）测序试剂盒的工作流程。
https://www.amyjet.com/products/P-2032-12.shtml