肽N-糖苷酶 F (PNGase F)是一种酰胺水解酶，主要由脑膜炎脓杆菌等革兰氏阴性菌分泌。PNGase F可以裂解由天冬酰胺连接的高甘露糖，及杂合和复杂的寡糖糖蛋白。PNGase F的切割位点为糖蛋白内侧N-乙酰葡萄糖胺（GlcNAc）和天冬酰氨残基之间的酰胺键，同时将酶解后蛋白上的天冬氨酰转化为天冬氨酸。
PNGase F 不会去除常见植物糖蛋白上含有核心α-(1,3)- 岩藻糖连接的寡糖。
E. coli
1. 在变性条件下进行SDS-PAGE的蛋白质去糖基化
(1) 在水中加入50μg目标糖蛋白（或低离子强度的相容缓冲液）至最终体积为12μl。
(2) 加入1μl 的5％SDS。
(3) 加入1μl的 1MDTT。
(4) 在95℃加热5min使样品变性。
(5) 在室温下冷却5min。
(6) 加入2μl的0.5M磷酸钠缓冲液（pH 7.5）。如果pH在PNGase F（pH 6-10）范围内，可以使用其他缓冲液。
(7) 加入2μl的10％NP-40。可用Triton X-100替代NP-40。
(8) 加入2μl的PNGase F.
(9) 在37°C孵育1-3h。
注意：糖蛋白的去糖基化可以通过SDS-PAGE上的凝胶移位来观察，去糖基化的产物比糖基化的底物移动的更快。
2. 在非变性条件下进行质谱检测的蛋白质去糖基化
(1) 在50mM碳酸氢铵（pH 7.8）中加入20μg的糖蛋白至终体积为18μl。
(2) 加入2μl的PNGase F.
(3) 在37°C孵育2-18h。
注意：在变性条件下大多数底物能够更好的去糖基化，在非变性条件下可能需要增加PNGase F的量和延长孵育时间。