NHS活化酯(N-羟基琥珀酰亚胺酯)是生物标记反应中最常用的活化基团。NHS活化Cy3分子中的羧基,让它可以和目标生物分子上的胺基(主要伯胺)反应生成稳定的酰胺键,从而把Cy3分子标记到生物大分子上。由于游离胺基是蛋白,抗体,多肽表面的常见官能团(来自于赖胺酸侧链),Cy3-NHS可以和它们直接反应。核酸分子中天然不带游离胺基,只有胺基修饰过的RNA或者DNA才可以和Cy3-NHS反应。
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