磺化Cy3是Cy3(Cyanine 3)的水溶型。它的光谱性质和Cy3类似,在荧光显微镜下发橘黄色荧光。它的荧光很亮,并且对pH不敏感,一般可以用530nm-561nm的激光束激发然后用 TRITC (tetramethylrhodamine) 的滤片观察,所以在绝大部分荧光仪器上都可以使用。标记后,样品背景荧光一般认为比TAMRA等系列的染料低。 磺化Cy3可以用来标记蛋白,抗体,多肽,核酸等各种生物分子。
NHS活化酯(N-羟基琥珀酰亚胺酯,N-hydroxysuccinimide ester(NHS),succinimidyl ester(SE))是生物标记反应中最常用的活化基团。它活化Cy3分子中的羧基,让它可以和目标生物分子上的胺基(主要伯胺)反应生成稳定的酰胺键,从而把Cy3分子标记到生物大分子上。由于游离胺基是蛋白,抗体,多肽表面的常见官能团(来自于赖胺酸侧链),Cy3-NHS可以和它们直接反应。核酸分子中天然不带游离胺基,只有胺基修饰过的RNA或者DNA才可以和Cy3-NHS反应。
磺化Cy3-NHS活化酯的水溶性极高,所以在标记反应中不需要使用有机共溶剂,特别适合标记蛋白等对有机溶剂敏感的生物分子。另外磺化Cy3水溶性极好,并且染料分子本身带电荷,标记到蛋白表面后不会引发疏水性蛋白聚集,提高荧光标记产物的稳定性。磺化Cy3-NHS也溶于甲醇,DMSO,DMF等有机溶剂,标记反应也可以在纯有机溶剂中进行
磺化Cy3-NHS标记后的产物Ex/Em是550/566nm。和它具有相似荧光特性的染料包括TAMRA,Alexa Fluor 555,DyLight 550,BODIPY® TMR-X等
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