Cy3 (Cyanine 3) 是一种发橘黄色荧光的花青素荧光染料。它的荧光很亮,对pH不敏感,并且处在肉眼较敏感的可见光区,在绝大多数荧光仪器上都可使用。Cy3可以用来标记蛋白,抗体,多肽,核酸分子等。
NHS活化酯(N-羟基琥珀酰亚胺酯,N-hydroxysuccinimide ester(NHS),succinimidyl ester(SE))是生物标记反应中最常用的活化基团。它活化Cy3分子中的羧基,让它可以和目标生物分子上的胺基(主要伯胺)反应生成稳定的酰胺键,从而把Cy3分子标记到生物大分子上。由于游离胺基是蛋白,抗体,多肽表面的常见官能团(来自于赖胺酸侧链),Cy3-NHS可以和它们直接反应。核酸分子中天然不带游离胺基,只有胺基修饰过的RNA或者DNA才可以和Cy5-NHS反应。
Cy3-NHS活化酯的水溶性较低,所以在水相的标记反应体系内需要使用有机共溶剂,常用有机溶剂包括DMF,DMSO和乙腈等。如需标记的分子对有机溶剂敏感,可选择磺化花青素(sulfonated cyanine),即sulfo-Cy3-NHS活化酯。两者的光谱性质几乎一致,因此大部分应用可相互替换。两者的主要区别在于:磺化染料是水溶性的,在水相的标记反应体系内不需要使用有机共溶剂,并且降低染料在水中聚集的可能性,增强标记效率。
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