在现代生物学研究中，经常会用到序列比较长的多肽，对于序列中含有60个以上氨基酸的多肽，通常会采用基因表达及SDS-PAGE法来获得，但是这种方法周期长，最终产物分离效果差等，使固相法长肽合成技术成为一种需要。肽谷生物经过长期的摸索与积累，对合成工艺及方法不断优化，解决了长肽合成难，纯化难的问题，我们长肽合成成功率高，质量稳定。
1. 长肽合成面临的困难及解决办法
长肽合成中，我们一直面临一个矛盾，即合成中随着序列的增长，缩合反应空间位阻增大，为了反应完全，需要增加反应时间；但是随着反应时间的延长，其产生的副反应就越多， 一些缺残基的目标肽就随之产生。这些缺残基的肽链也是长肽合成过程中所产生的主要杂质。 因此，长肽的合成过程中，我们需要克服的主要困难是探索更优质的反应条件和反应方法，从而使氨基酸缩合反应进行的更充分更彻底。同时缩短反应时间，因为反应时间越长，不可控的副反应相对的就越多，副产物就越复杂。
为此，肽谷生物经过多年的摸索与积累，总结出以下经验：
(1) 对于反应时间实行精准灵活的把控：我们在多肽合成多年的经验积累，使得我们对于多肽反应时间能够精准把控，在反应完全-减少副产物上能够找到平衡点；
(2) 采用微波合成法：对于合成过程中出现的一些难以缩合的氨基酸，我们采用微波法进行合成，该方法效果显著，并且大大缩短了反应时间，同时减少了两种主要副产物的产生。
(3) 采用片段合成法：当某些多肽用常规合成方法合成困难，并且难以纯化时，我们也会采用将多肽中某一段的某几个氨基酸缩合之后作为一个整体缩合到肽链上去，这种方法也能够解决许多合成中存在的问题。
(4) 采用酰肼合成法：酰肼法合成多肽的方法是固相合成的N末端Cys多肽和C末端多肽酰肼之间的化学选择性反应形成酰胺键而实现多肽连接的方法。该方法根据肽链中Cys的位置，将整条肽链分成多条序列分别合成，最终经过液相合缩反应得到目标肽， 该方法不仅大大缩短了长肽合成时间，而且显著地提高了最终产物纯度，因此广泛适用于含有Cys的长链多肽的合成。
2. 长肽纯化
长肽的特殊性不可避免的导致最后得到的粗品肽组分复杂，因此，对于长肽的HPLC纯化也是一项挑战；我们通过在amyloid系列多肽纯化过程中，吸取大量经验并成功用于长肽纯化，我们通过采用先进仪器，多纯化体系混用，反复分离等经验手段，极大提升了我们长肽纯化成功率。