海藻糖是一种典型应激代谢物，能够在高温、高寒、高渗透压及干燥失水等恶劣环境条件下在细胞表面形成独特的保护膜，有效地保护生物分子结构不被破坏，从而维持生命体的生命过程和生物特征。
因为该糖具有独特的生物学功能，能在逆境中有效地维持细胞内生物膜和蛋白质、活性肽的稳定性和完整性，被赞誉为生命之糖，可广泛用于生物制剂、医药、食品、保健品、精细化工、化妆品、饲料及农业科学等各个行业。
1.食品工业
在食品工业中，现正从海藻糖具有的非还原性、保湿性、抗冻结性和耐干燥性、优质甜味、能量来源等功能与特性考虑，进行多种用途的开发研究。海藻糖产品可以应用到各种各样的食品和调味料等中，从而可以大大改善食品的质量并增加食品的花色品种，促进食品工业的进一步发展。
海藻糖的功能特性及在食品中的应用：（1）防止淀粉老化（2）防止蛋白质变性（3）抑制脂质氧化变质（4）矫味作用（5）保持蔬菜、肉类的组织稳定和保鲜作用（6）持久稳定的能量来源。
2.医药工业
海藻糖在医药工业可用作试剂药和诊断药的稳定剂。目前，正从海藻糖具有的非还原性、稳定性、对生物大分子的保护作用及提供能源等功能和特性出发，探讨多方面应用。用海藻糖干燥抗体如疫苗、血球蛋白、病毒等生物活性物质，无需冷冻，待复水后均能恢复活力。海藻糖代替血浆作为生物制品和稳定剂，不仅能常温保存，还可防止污染，从而保证生物制品的保存、运输和安全性。
3.化妆品
由于海藻糖具有极强的保湿作用及防晒、防紫外线等多方面的生理功效，可以作为保湿剂、保护剂等添加到 乳液、面膜、精华素、洗面奶中，还可作为唇膏、口腔清洁剂、口腔芳香剂等的甜味剂、品质改良剂。无水海藻糖还可以用于化妆品中作为磷脂以及酶的脱水剂，其脂肪酸衍生物还是优良的表面活性剂。
4.农作物育种
用生物技术将海藻糖合酶基因导入作物并使其在作物体内表达，构建生产海藻糖的转基因植物，培育抗冻、抗旱转基因植物新品种，提高农作物的抗寒、抗旱能力，而且可使其在收获加工后显得新鲜，且能保持原有的风味和质地。
海藻糖也可用于种子保存等，在使用海藻糖之后，可以有效地保持种子、种苗的根茎中的水分子，有利于农作物播种，成活率高，同时保护了作物因寒冷而冻伤，这对降低生产成本，特别是北方寒冷干燥的气候对农业的影响，具有重要意义。
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