红曲色素是目前食用色素行业中发展最快的纯天然色素产品之一。基于其着色效果、应用成本和安全性，在肉类制品尤其是香肠和灌肠产品中得到了广泛的应用。
红曲生产及应用，在我国已有1000多年历史，是古代中国人民的伟大发明创造，是中华民族的科学文化遗产。在《日用本草》、《天工开物》、《本草纲目》中均有记载。李时珍《本草纲目》谷部第二十五卷记载：红曲甘、温、无毒，主治消食活血，健脾燥胃，治赤白痢下水谷。酿酒、破血生药势。现代医学研究表明：红曲具有抗疲劳，增强免疫力等功能。红曲及制品主要用于医药、食品、日用化工、酿造领域，在肉制品、饮料、食品、酱油、红醋、化妆品中也广泛使用，代替人工合成红色素。近年来，发现人工合成红色素具有致畸致突变的潜在危险，其安全性受到严重挑战，天然红色素日益受到国际上重视，红曲色素以其安全性和良好的稳定性受到国际市场的青睐。因大多数天然红色素稳定性较差，且从动植物中提取生产成本较高，而红曲色素可以经过生物技术发酵大规模生产，生产成本较低，所以极具市场竞争力。
现代红曲研究是日本最先开始的，1979年日本学者远藤章教授从红色红曲霉中分离出一种命名为莫那可林K（Monacolin K）的物质，后来被美国学者进一步证明Monacolin K是胆固醇合成酶HMG—CoA的专一性抑制剂，能有效抑制胆固醇的合成，并开发为治疗高胆固醇血症，降血脂的药物。美、日、法、德、比利时和我国的学者都对功能性红曲开展了大量的研究，进一步研究发现红曲中除含有MonacolinK外，还含有麦角甾醇，生物黄酮，皂甙、膳食纤维、氨基多糖等丰富的生理活性物质。
1998年7月在法国图卢兹大学举办了“红曲的培养与应用专题研讨会”，会议汇集了来自世界各地的30多位研究者。研讨会议题涉及到红曲色素的生产、红曲霉的次级代谢产物（monacolin k）的功能和桔霉素的毒性等。2000年10月，由浙江工业大学主办的“2000’东方红曲国际学术研讨会”，在我国举行，与会代表国外20余名，国内40余名，大会宣读论文30余篇。
红曲作为一种微生物发酵产品，被广泛应用于食品着色、食品发酵、中医药和饲料中。目前市场上的红曲产品有红曲米、红曲红、功能红曲、红曲酒（醋、酱油）、红曲豆腐、红曲茶等。我国的红曲米和功能红曲已进入了国际市场，美国以食品辅料从中国进口功能红曲，欧洲则以食品配料名义从中国进口红曲，用于火腿肠生产。目前市场上出售的降脂药物，有多种是红曲制剂。