过磷酸钙中的水溶性磷酸一钙在土壤中容易被固定，移动性小，因此，合理施用过磷酸钙的原则是既要减少其与土壤的接触面积，又要尽量增加它与根系的接触机会。
1、集中施和分层施 集中施(条施、穴施)可减少肥料与土壤的接触面，减少固定，同时增加与根群的接触机会，使根系容易吸收磷营养。在集中施的基础上采取分层施效果更好，即大部分磷肥作基肥深施，少部分浅施或作种肥。作种肥或秧根肥时要注意过磷酸钙中游离酸对种子和根系为害，一般可用相当于磷肥用量的2%—3%的草木灰与其混合堆放半天后再与种子混播，作秧根肥应把磷肥与1—2倍的腐熟有机肥或细土混合堆沤半天至1天后用水调成糊状蘸秧根。
2、与有机肥混合施 有机肥的分解产物可减少土壤中铁、铝等对磷的固定。
3、制成颗粒肥 把过磷酸钙制成颗粒，减少与土壤的接触。颗粒肥适宜机械施用，作种肥很安全。
4、酸性土配施石灰 先施石灰翻犁耙匀后再施磷肥，不要把石灰与过磷酸钙混合，以免降低磷的有效性。
5、根外追肥 喷施前先将过磷酸钙加10倍水浸泡过夜，取其清液用水稀释到所需浓度后喷施。喷施浓度各类作物不同，水稻、小麦等谷类作物可用1%—3%浸出液，果树可用2%左右浓度，棉花、蔬菜可用1%的浓度。