氟苯尼考是广谱抗菌素，对革兰氏阳性菌和阴性菌均有较好的抑制效果，因此很多猪场在疾病频发的情况下，大量频繁使用氟苯尼考来预防或治疗猪病。一些猪场的兽医人员不管何种疾病，不管哪一群体、哪一阶段，都使用超大剂量的氟苯尼考进行治病或预防疾病。氟苯尼考并不是万能的，要合理使用，才能达到理想效果。
下面是使用氟苯尼考的一些注意事项：
不宜与大环内酯类（如泰乐菌素、红霉素、罗红霉素、替米考星、吉他霉素、阿奇霉素、克拉霉素等）、林可胺类（如林可霉素、克林霉素）及双萜类半合成抗生素－泰妙菌素联合用药，合用时可产生拮抗作用。
氟苯尼考不可与β－内酯胺类（如青霉素类、头孢菌素类）及氟喹诺酮类（如恩诺沙星、环丙沙星等）联合用药，因氟苯尼考是抑制细菌蛋白质合成的速效抑菌剂，后者属繁殖期速效杀菌剂。在前者的作用下，细菌蛋白质合成迅速被抑制，细菌停止生长繁殖，使后者的杀菌作用减弱。故在治疗需要发挥快速杀菌作用时，不可同用。
不能与磺胺嘧啶钠一起混合肌注。口服或肌注给药时忌与碱性药物合用，以免分解失效。也不宜与盐酸四环素、卡那霉素、三磷酸腺苷、辅酶A等混合静脉注射，以免发生沉淀和降效。
肌肉注射后可能引起肌肉变性、坏死，因此，可颈部与臀部深部肌肉交替注射，不宜在同一部位重复注射。
由于氟苯尼考可能有胚胎毒性，妊娠期及哺乳期母猪慎用。
在病猪体温较高时，可配合解热镇痛药及地塞米松使用，效果更佳。
在防治猪呼吸道综合征（PRDC）方面，有人推荐氟苯尼考与阿莫西林、氟苯尼考与泰乐菌素、氟苯尼考与泰妙菌素合用，这种方法欠妥，因为从药理学的角度讲，两者不可联合应用。但氟苯尼考可与四环素类，如强力霉素联用。
氟苯尼考有血液系统毒性，虽然不会引起不可逆的骨髓再生障碍性贫血，但其引起的可逆性红细胞生成抑制却比氯霉素（已禁用）更常见。疫苗接种期或免疫功能严重缺损的动物禁用。
长期使用可能会引起消化机能混乱和维生素缺乏或二重感染症状。
在防治猪病时，应小心谨慎，要按照规定的剂量和疗程给药，不能滥用，避免产生不良后果。
肾功能不全患畜要减量或延长给药间隔时间。
如遇低温，发现溶解速度较慢；或已配好的溶液有氟苯尼考沉淀析出，只需稍微加温（不超过45℃），即可全部快速溶解。所配溶液最好在48小时内用完。